病虫害防治方法多样，主要包括化学防治、物理防治和生物防治。化学防治主要依赖于杀菌剂或杀虫剂，虽然在二战后有机合成农药的广泛应用使得病虫害控制变得相对容易，但抗药性问题和生态影响引起了关注。物理防治则利用光、射线等自然能量或构建屏障，有助于减少病虫害。耕作防治则是通过改变作物品种、种植时间或环境条件来降低受害风险。

综合防治或病虫害控制是当前的趋势，强调在经济可行的范围内，通过协调使用各种防治手段，维持病原或害虫种群的自然平衡。目标是通过降低病虫害密度，使其保持在较低水平，只有在密度超过允许限度时才采取临时喷洒药剂等措施。同时，尽量避免对病虫害进行过度消灭，除非它们是新侵入或对人类健康构成威胁的物种。

关于病虫害的经济损害水平（Economic Injury Level，EIL），V．M．Stern等人提出，这是衡量病虫害对作物产量和质量影响的一个标准。而俊一和桐谷圭治建议将这种影响称为“为害限制量”，对应的病虫害密度称为“危害限制密度”。此外，病虫害防治的范围广义上还包括有害鸟兽和杂草的管理，确保全面的生物控制和生态平衡。